Wiosną 2003 roku rozpoczęto pierwszy etap prac adaptacyjnych, a 1 lipca tegoż roku dom i kaplica rektoralna zostały oficjalnie przekazane w użytkowanie na okres 25 lat braciom kapucynom. Drugi etap prac adaptacyjnych podjęła już nowa wspólnota braterska powołana do życia w tym miejscu. Pierwszym gwardianem domu i rektorem kaplicy był br. Jacek Kania. 2 sierpnia 2003 roku, w święto Matki Bożej Anielskiej z Porcjunkuli, po zakończeniu prac malarskich i porządkowych, odbyła się pierwsza kapituła domowa, która zapoczątkowała tą próbę życia w oparciu o Regułę dla pustelni św. Franciszka.
Reguła dla pustelni zachęca braci, aby starali się zachowywać milczenie, wskazując również czas jego przerywania podczas posiłków oraz chwil, kiedy któryś z braci, odczuwa potrzebę rozmowy. Aby chronić życie w milczeniu nie mamy telewizji, radia oraz Internetu.
Niezwykle istotnym charyzmatem niemal wszystkich domów modlitwy w zakonie jest gościnność względem tych wszystkich, którzy szukają dobrego miejsca i czasu na modlitwę. Podejmujemy także różne prace specjalistyczne, w zależności od potrzeb i uzdolnień braci aktualnie prowadzących ten rodzaj życia (np. prace związane z powstawaniem ikon).
Osią życia w pustelni jest wspólnotowa celebracja liturgii godzin oraz modlitwa myślna, której bracia poświęcają minimum dwie godziny w ciągu każdego dnia. Codzienna Eucharystia, celebrowana w kaplicy domowej, pozwala na doświadczenie komunii z Jezusem, Kościołem i wzajemnie między sobą. To dlatego najważniejszym pomieszczeniem domu jest bez wątpienia kaplica. Jest ona miejscem, w którym krzyżują się dwie wzajemnie przenikające się formy modlitwy: adoracja i celebracja. Całość kaplicy w surowym zdobnictwie drewnianym, kontrastowanym bielą ścian stwarza, jak się wydaje, dobry nastrój do modlitwy.
Kaplica została poświęcona tajemnicy stygmatów św. Franciszka i wszystko, co dokonuje się w jej wnętrzu, wpisane jest w tą tajemnicę przez umieszczenie na przeciwległych ścianach głównych z przodu krucyfiksu, a z tyłu ikony św. Franciszka jako Serafickiego Anioła Pustyni, przedstawionego w momencie stygmatyzacji. W Eucharystii osią jest Chrystus w tajemnicy Kościoła, którą symbolizuje Menora – siedmioramienny świecznik, łączący w swej wymowie Stary i Nowy Testament.
Łączność z franciszkańską tradycją miejsc modlitwy symbolizują trzy kamienie wkomponowane w wystrój wnętrza. Pochodzą one z Alwerni – miejsca stygmatyzacji św. Franciszka, Carceri – pierwszej pustelni franciszkańskiej oraz z murów eremu Albacina – pierwszego miejsca osiedlenia rodzącej się wspólnoty kapucynów.
Drzewko oliwne u stóp tabernakulum, przywiezione z ziemi św. Franciszka symbolizuje żywotność rodziny franciszkańskiej i odnosi do wydarzenia modlitwy Jezusa w Ogrodzie Oliwnym.
Na frontowej ścianie kaplicy umieszczone zostały ikony: Matki Bożej, z zaproszeniem do tworzenia małych wspólnot: Trzeba tworzyć wspólnoty chrześcijańskie takie jak Święta Rodzina z Nazaretu, które żyłyby w pokorze, prostocie i uwielbieniu, i w których drugi jest Chrystusem; oraz św. Józefa z modlitwą: Pokorny Józefie, patronie życia ukrytego i naszej prowincji, który doświadczyłeś ciemności w poszukiwaniu Jezusa, błagaj Boga o nasze do niego nawrócenie.
Biuro Prasowe Kapucynów – Prowincja Krakowska